Súčasná biodiverzita rastlinstva Slovenského Krasu je výsledkom dlhého pôsobenia ľudskej činnosti hlavne v oblasti poľnohospodárstva a lesníctva. Preto sa tu nevyskytujú prirodzené lesné rastlinné spoločenstvá.

Podstatnú časť plochy cca 78 % územia národného parku zaberajú práve lesné spoločenstvá. Lesné rastlinné spoločenstvá Slovenského Krasu delíme do piatich lesných stupňov: dubového, bukovo-dubového, dubovo-bukového, bukového a jedľovo-bukového.
V dubovom sa sekundárne rozšíril a nadobudol dominanciu hrab. V bukovom vegetačnom stupni sa prevažne zachovalo dominantné zastúpenie buka a menšie zastúpenie duba, javorov a lipy. Zastúpenie jedle je v bukovom, jedľovo-bukovom a dubovo-bukovom stupni. Za pôvodné dreviny Slovenského Krasu považujeme smrek, borovicu a tis obyčajný.
Na väčšine územia národného parku, mimo rezervácií, a jeho ochranného pásma prebieha v lesoch plánovité obhospodarovanie prostredníctvom LHP. Z kategórií lesov majú najväčšie plošné zastúpenie lesy ochranné, cca 50 % plochy lesov. Avšak vysoké zastúpenie má aj kategória lesov hospodárskych, cca 45 % plochy všetkých lesov národného parku. Zvyšných 5 % tvoria lesy osobitného určenia a plochy so špecifickým funkčným zameraním, ako sú napríklad políčka pre zver, lesné lúky a pod.