Na území NP prakticky neexistuje povrchový odtok vody, práve preto voda presakuje cez pôdu a systémom puklín sa dostáva do podzemných dutín, čím vznikajú vyvieračky (Malá studňa, Zádielská, Buzgó).
Podhorské územia sú z väčšej časti pokryté zahlinenými sutinami, ktoré sa vyznačujú len slabou infiltračnou schopnosťou. Preto krasové vody, ako i vody zrážkové povrchovo odtekajú a vytvárajú bohatú riečnu sieť. (rieky Muráň, Bodva, Turňa)