Územie NP Slovenský Kras sa nachádza v teplej klimatickej oblasti s mierne vlhkým a mierne teplým okrskom, čo umožňuje výskyt širokej škály flóry a fauny práve vďaka ideálnym klimatickým podmienkam.
Najvyššie časti ochranného pásma sú pod vplyvom mierne chladnej klimatickej oblasti
Údolné polohy v povodí Turne a Bodvy majú priemer zrážok 600-630mm za rok, náhorné planiny okolo 700mm a najvyššie časti viac ako 900mm.